Ważne jest, aby odróżnić biegunkę ostrą od przewlekłej, zlokalizować problem w jelicie cienkim lub grubym i zrozumieć, czy biegunka jest spowodowana pierwotną chorobą przewodu pokarmowego, czy też jest następstwem choroby pozajelitowej.
Biorąc pod uwagę różne przyczyny biegunki i jej potencjalnie samoograniczający się charakter, podejście diagnostyczne powinno różnić się w zależności od historii klinicznej pacjenta, nasilenia objawów i dostępności właściciela.
są najczęstszymi przyczynami. W tych przypadkach bardzo ważna jest anamneza (kontakt z chorymi zwierzętami, znane nietolerancje, przebywanie w budach, spożywanie niedogotowanego lub zepsutego jedzenia) Obecność śluzu, żywej krwi, trudności i pilność w wypróżnianiu wskazują na problem z jelitem grubym , podczas gdy utrata masy ciała i strawiona krew wskazują na zajęcie jelita cienkiego.
W przypadku zwierząt z łagodną biegunką, przy normalnym spożyciu pokarmu i wody, bez wymiotów lub odwodnienia, często wystarczająca jest opieka wspomagająca. W przypadku progresji objawów klinicznych, z odwodnieniem i utratą apetytu konieczne są dodatkowe badania diagnostyczne, takie jak badania kału, testy na choroby zakaźne i badania krwi, ze szczególnym uwzględnieniem zwierząt z objawami chorób ogólnoustrojowych.
Biegunkę u zwierząt towarzyszących powiązano z Clostridium perfringens, Clostridium difficile, Campylobacter, Salmonella i E. coli. Z drugiej jednak strony wiele zdrowych zwierząt jest nosicielami tych bakterii, a ich odkrycie niekoniecznie oznacza obecność objawów klinicznych.
W szczególności istnieje wyraźna korelacja między C. perfringens i ostrą biegunkę krwotoczną, ale nie jest jasne, czy obecność tej bakterii jest przyczyną czy skutkiem, ze względu na „zmianę w mikroflorze jelitowej; to samo dotyczy C. trudne.
Z drugiej strony Campylobacter może wywoływać objawy żołądkowo-jelitowe, zwłaszcza u młodych zwierząt narażonych na czynniki predysponujące, takie jak stres, przeludnienie i współistniejące choroby.
Niektóre rodzaje E coli może powodować infekcje jelitowe u psów z upośledzonym układem odpornościowym i często bierze udział w ziarniniakowym zapaleniu jelita grubego typu Boxer, z podobnymi zmianami opisanymi również u buldoga francuskiego i border collie.