Patogeneza bada rozwój choroby i łańcuch zdarzeń z nią związanych, które krok po kroku określają zmiany morfo-funkcjonalne komórek i tkanek należących do zaatakowanych narządów. Zmiany te mogą być spowodowane czynnikami chemicznymi, fizycznymi lub biologicznymi (wirusami, bakteriami itp.).
Podczas gdy etiologia definiuje przyczyny, patogeneza bada konsekwencje.
Czytając teksty medyczne możemy więc natknąć się na takie terminy jak: patogeneza drobnoustrojów, patogeneza zapalna, patogeneza wirusowa, patogeneza złośliwa (skłonność choroby, zwykle nowotworu, do stopniowego zaostrzania się, aż stanie się potencjalnie śmiertelna). Wiele chorób rozpoznaje różne czynniki przyczynowe (etiologia wieloczynnikowa), a jeszcze liczniejsze są te, które charakteryzują się różnymi mechanizmami ewolucyjnymi (wielokrotna patogeneza).
