a drogi rozprzestrzeniania się infekcji mogą być różne.Kolonizacja pośredniczona przez patogeny może w rzeczywistości odbywać się poprzez:
- Droga wstępująca z pęcherza (najczęściej): z krocza (lub z przedsionka pochwy w przypadku pacjentek) drobnoustroje przemieszczają się w górę cewki moczowej, następnie pęcherza moczowego do nerek; główne przyczyny zakażenia u kobiet polega na deformacji cewki moczowej podczas stosunku płciowego, podczas gdy u mężczyzn jest to często wtórne do zapalenia gruczołu krokowego.U pacjentów cewnikowanych może dojść do zakażenia po założeniu lub manipulacji cewnikiem, co w konsekwencji może prowadzić do przedostania się patogenów do pęcherza moczowego .
- Droga zstępująca krwi: przez krwioobieg, w przebiegu posocznicy, patogeny docierają do nerki powodując zapalenie nerek i ropnie nerek.
- Droga limfatyczna zstępująca: sieć naczyń limfatycznych łączy okrężnicę wstępującą z prawą nerką i okrężnicę zstępującą z lewą nerką.
Drobnoustroje zaangażowane w odmiedniczkowe zapalenie nerek są zwykle jednakowo odpowiedzialne za infekcje dróg moczowych, narządów płciowych i przewodu pokarmowego, a więc pęcherza moczowego, prostaty, szyjki macicy, pochwy, cewki moczowej czy odbytnicy: Escherichia coli, Klebsiella spp., Proteus spp., Enterococcus spp. itp.
W większości przypadków patogeny te reprezentują bakterie flory kałowej, które podążają drogą wstępującą, chociaż w ogólnej perystaltyce (ruchy skurczowe i rozdęcie ścian dróg moczowych) wykonuje „skuteczne działanie ochronne przed infekcjami”.
Sporadycznie zgłaszane są inne nietypowe drobnoustroje: prątki, drożdżaki i grzyby, a także patogeny oportunistyczne, takie jak Corynebacterium urealyticum.