Normalną funkcją kalprotektyny jest zatem przeciwdziałanie rozwojowi bakterii i grzybów w organizmie (działanie przeciwdrobnoustrojowe).
W obecności „stanu zapalnego w przewodzie pokarmowym białe krwinki migrują do niego i uwalniają białko, którego stężenie w kale odpowiednio wzrasta.
Z tego powodu kalprotektyna może być stosowana jako wskaźnik stanu zapalnego w przypadku przewlekłych chorób jelit, niektórych infekcji pochodzenia bakteryjnego czy nowotworów układu pokarmowego.
Dawka kalprotektyny w kale jest jedynym testem, który może dostarczyć informacji o lokalizacji zapalenia. Z kolei oznaczenie tego parametru w osoczu wskazuje na stan zapalny, który można zlokalizować w dowolnym miejscu. Ponadto u pacjentów z przewlekłymi chorobami zapalnymi jelit (takimi jak wrzodziejące zapalenie jelita grubego i choroba Leśniowskiego-Crohna) dawka kalprotektyny w kale jest ważnym wskaźnikiem stopnia zapalenia.
; obecny we wszystkich częściach ciała ludzkiego, koncentruje się głównie w cytoplazmie granulocytów obojętnochłonnych.W niższych stężeniach kalprotektyna jest również obecna w monocytach i wywodzących się z nich makrofagach; komórki te, podobnie jak neutrofile, są krwinkami białymi, które mają za zadanie fagocytować, a więc otaczać, trawić i niszczyć obce cząstki, które wniknęły do organizmu, w tym mikroorganizmy (w stosunku do których neutrofile są bardziej aktywne).
Zarówno neutrofile, jak i makrofagi mają zdolność wydzielania chemicznych mediatorów odpowiedzi zapalnej.
W obrębie tych komórek odpornościowych kalprotektyna wykazuje wysoką aktywność bakteriostatyczną i mykostatyczną; jako taki skutecznie przeciwdziała rozwojowi grzybów i bakterii.
